Numărul oaselor variază de la o specie de balenă la altul și depinde, în parte, de lungimea coloanei vertebrale a balenelor. Bomboanele de spermă conțin 164 oase, în timp ce balena albastră, cea mai mare animal pe pământ, are 356 oase.
Scheletul unei balene conține un craniu, o coloană vertebrală și o cușcă pentru coaste, plus oasele care alcătuiesc flipperii. Scheletul din flipperul unei balene arată ca o versiune a unei mâini umane; care conține un umăr, osul superior al bratului, oasele brațului inferior, oasele din încheietura mâinii și falangii sau oasele de tip deget. Baleliile conțin, de asemenea, câteva oase mici care plutesc în jos spre cozile lor. Oamenii de știință cred că acestea sunt rămășițe vestigioase ale picioarelor din spate.
