Cele două diferențe-cheie dintre credințele metodiste și prezbiteriene sunt că metodiștii resping doctrina calvinistă a predestinării în timp ce presbiterienii o acceptă și că biserica metodistă este organizată pe linii episcopale tradiționale, în timp ce presbiterienii au propriul lor sistem unic de conducere prin bătrânii (sau "presbiterii"). În caz contrar, aceste două denominațiuni creștine împărtășesc multe dintre aceleași calități.
Acceptarea sau respingerea doctrinei calviniste a predestinării este o diferență fundamentală și profundă. Pe scurt, doctrina lui Ioan Calvin susține că numai anumiți oameni sunt destinați mântuirii, în timp ce restul sunt destinați (sau "devotați" lui Dumnezeu) de condamnare.
Cu alte cuvinte, spre deosebire de toate celelalte denumiri creștine majore, presbiterienii cred că Dumnezeu a selectat în mod activ oamenii să răspundă invitației sale la mântuire.
Organizarea presbiterianismului este o altă diferență importantă. Bătrânii sunt aleși și hirotoniți la poziții de autoritate din partea laicilor. Rolul lor este atunci să servească interesele congregației lor ca parte a unui organism de conducere sau "sesiune". Atunci când un număr de sesiuni se adună împreună pentru a discuta afacerile bisericești, ele sunt numite "presbiteriu". În mod colectiv, presbiteriile multiple sunt denumite "sinod". Când s-au reunit pentru a discuta despre chestiuni legate de denominație în ansamblu, sinoadele formează "Adunarea Generală" presbiteriană.
