Unele biserici catolice dețin alte credințe pe care baptiștii nu le împărtășesc, cum ar fi credința că Fecioara Maria a fost admisă în ceruri și că Papa reprezintă o linie de autoritate care revine apostolului Petru.
Diferențele dintre învățăturile catolice și baptiste decurg din Reforma din secolul al XVI-lea. Reforma a văzut denominațiunile protestante respingând autoritatea Papei și introducând propriile sale învățături. O altă diferență între denominațiunile catolice și protestante se află în concepțiile lor de mântuire. Cultele protestante consideră de obicei că mântuirea este un singur moment în care o persoană intră în viața creștină, în timp ce catolicii văd mântuirea ca pe un proces continuu, crezând că oamenii primesc harul prin participarea la viața bisericii pe tot parcursul vieții lor.
