Microscoapele sunt ușor de folosit, uneori instrumente ieftine disponibile pentru aproape orice serviciu de sănătate din lume, făcându-le ușor de obținut, chiar și în țările lumii a treia, dar nu toată lumea are abilitățile necesare pentru a le folosi, astfel încât misdiagnosis este un dezavantaj. Microscoapele pot fi utilizate pentru a ajuta la diagnosticarea unui număr de condiții și boli diferite.
Există mai multe tipuri de microscoape disponibile pentru utilizare în multe domenii ale științei. Electroniștii, microscoapele și microscoapele cu disecție sunt doar câteva din multele din jur, și un dezavantaj față de a avea atât de multe tipuri de a alege este că o persoană sau o organizație poate folosi una greșită pentru nevoile lor. Unele microscoape oferă rezoluții mai mari decât altele și unele, precum microscoapele stereoscopice, permit utilizatorilor să vadă obiecte mai groase decât multe altele.
Microscoapele au deschis ușa la atât de multe descoperiri și tratamente noi, încât avantajele depășesc cu mult dezavantajele.