Dr. Divorțul lui Charles Stanley de la soția sa din 2000 a fost cauzat de ceea ce fosta lui soție a descris ca mulți ani de dezamăgiri și conflicte maritale. Anna Stanley a depus inițial la divorț în iunie 1993, dar a fost convinsă de Charles Stanley să o modifice la o separare legală. Anna Stanley a depus o nouă cerere de divorț în 1995, declarând oficial că căsătoria lor de peste 40 de ani a fost spartă dincolo de reparații.
Dr. Procesele de divorț ale lui Charles și Anna Stanley au provocat un scandal în prima biserică baptistă din Atlanta, Georgia, pe care Charles a fost pastorul senior la data depunerii divorțului. Charles a afirmat în 1995 că, dacă soția lui ar divorța oficial, va renunța imediat la poziția sa în biserică. În ciuda faptului că divorțul a devenit definitiv, dr. Charles Stanley a rămas ca pastor al bisericii, cu sprijinul pozitiv al congregației sale în timp ce au votat să-l rețină.
Dr. Divorțul lui Charles a provocat și o ruptură cu fiul său, Andy Stanley. Conflictul a escaladat din cauza neînțelegerii lui Andy cu privire la modul în care tatăl său se apropia de scandalul divorțului și a culminat cu demisia sa de la prima biserică baptistă. Andy Stanley a continuat să înființeze Biserica comunității North Point în 1995.
