Microbiota tranzitorie sunt microorganisme care nu trăiesc în mod normal și nu se reproduc în corpul uman. Deși aceste tipuri de organisme pot coloniza o gazdă și se reproduc pe scurt, apărarea corpului uman nu permite să devină permanenți.
Microbiota tranzitorie care a fost preluată poate fi spălată cu ușurință de pe piele. Dimpotrivă, microbiota normală nu poate fi curățată de piele în timpul spălării normale a mâinilor. Cel mai mare pericol reprezentat de microbiota tranzitorie este abilitatea lor de a intra în corpul uman și de a provoca boli. În mod normal, microorganismele intră în corpul uman prin orificiile naturale de intrare sau pauze în piele.