În timp ce nu toate microorganismele sunt periculoase, unele microorganisme pot provoca boli și infecții la om și alte lucruri vii. Microorganismele, numite și microbi, contribuie, de asemenea, la descompunerea și deteriorarea alimentelor deșeuri toxice din spate, chiar dacă acestea sunt eradicate din materialul contaminat.
În unele cazuri, microorganismele pot avea efecte benefice în populațiile mici, dar o supraaglomerare poate provoca probleme. De exemplu, bacteriile care trăiesc în tractul digestiv uman, echilibrate de alți microbi din organism, servesc un scop important în procesul digestiv. Cu toate acestea, un dezechilibru al nutrienților sau un sistem imunitar slăbit poate permite populațiilor de bacterii să crească, ducând la o infecție intestinală și, eventual, la o boală periculoasă.