Principala diferență dintre cilia și flagelă este modul în care acestea sunt organizate. Cilia și flagella sunt ambele extensii flexibile care ajută celulele să se miște.
Cilia și flagelul sunt organele celulare structurale similare sau extensiile care ajută la mișcarea celulelor. Celulele au în mod obișnuit una sau două flageluri mai lungi și multe cilia mai scurte. Mișcarea bătătorită a cilia este diferită de cea a flagelului, prin faptul că un flagel se mișcă într-o mișcare asemănătoare undelor și cilia se mișcă într-un mod mai complicat.Un singur flagel ar putea muta o celulă cu o manieră asemănătoare unui bici sau două flageluri s-ar putea mișca în tandem. Cu toate acestea, cilia acoperă cea mai mare parte a corpului celulei și bate într-o manieră coordonată.
