Unul dintre cele mai mari efecte de durată ale incursiunii spaniole în America Latină a fost pierderea devastatoare a populațiilor indigene. Unii dintre principalii vinovăŃi au fost variola și alte boli împotriva cărora oamenii nativi nu aveau apărare. În plus, sistemul encomiendă al sclaviei forțate a localnicilor a ucis mult mai mulți indigeni prin muncă grea și privare.
Liderii nativi existenți au fost uciși sau desființați de putere, lăsând societățile indigene fără structurile sociale de care depindea. Preoții spanioli scos în afara legii religia și cultura locală și au ars istorii scrise, lăsând un vid cultural. Drept urmare, societățile indigene ale căror persoane numerotate în milioane înainte de cucerirea Spaniei au fost marginalizate sau eliminate.
În absența unor alternative indigene, limba și cultura spaniolă au devenit dominante în America Latină. Spaniolă a devenit limba primară în multe țări din America Latină. Când a fost introdus pentru prima dată, mulți sud-americani nativi au asociat romano-catolicismul cu practicile religioase tradiționale. În timp, religia romano-catolică a devenit influența teologică predominantă în America Latină. Arhitectura spaniolă a constituit baza multor structuri, iar planificarea urbană sa bazat pe structura unei piețe sau a unui oraș în mijlocul unei municipalități.
