Nu puteți vedea un microorganism fără a utiliza un microscop. De asemenea, nu puteți gusta și nu mirosi microorganisme precum bacteriile din alimentele contaminate. Cu toate acestea, puteți mirosi mirosul de bacterii care metabolizează transpirația. Toenail infecții fungice, de asemenea, produce un miros.
În timp ce toate bacteriile și arhaia sunt microorganisme, sunt doar niște ciuperci și alge. Unele animale, cum ar fi rotiferele și aproape toate protozoarele, sunt microscopice. Microorganismele mici trăiesc în sol, în atmosferă, pe podeaua oceanului și în rocile adânci din interior. Microorganismele ajută descompunerea în reciclarea nutrienților în ecosisteme. Microorganismele din aer pot influența precipitațiile și vremea. Alții sunt activi în ciclul de azot.