Chiar dacă a existat o teorie populară că Stegosaurus ar fi putut avea două creiere, unul în cap și unul în coada sau spate, această idee a fost în mare parte discreditată în paleontologie. Unii paleontologi pot țineți în continuare această teorie și încercați să găsiți căi care ar putea fi adevărate, dar, în ansamblu, aceasta nu este o idee acceptată.
Oamenii de știință au susținut de mult că Stegosaurus trebuie să aibă un creier relativ mic comparativ cu dimensiunea sa, care poate fi rădăcina mitului creierului. Cu toate acestea, nu există dovezi care să susțină ideea că acest dinozaur avea un creier separat pentru a-și controla jumătatea din spate.
