Trei lucruri care pot denatura enzimele sunt temperaturile, concentrațiile de pH și concentrațiile de sare. Enzimele sunt proteine; ca și în cazul tuturor proteinelor, enzimele funcționează numai în anumite medii optime. Aceste medii optime includ anumite intervale de temperatură, niveluri specifice ale pH-ului și concentrații specifice de sare.
Dacă o enzimă nu se află în mediul său optim, este posibil să nu funcționeze bine sau chiar deloc. Enzimele devin denaturate sau desfigurate în medii nonoptimale. Enzimele denaturate își pierd formele naturale tridimensionale pliate.
Multe enzime nu funcționează bine la temperaturi ridicate. O creștere a temperaturii favorizează funcția enzimatică, dar la temperaturi de peste 40 de grade Celsius, multe enzime animale nu mai funcționează. O schimbare a nivelului de pH afectează legăturile de hidrogen, un tip slab de legătură care leagă părțile enzimei unul de celălalt; aceasta schimba forma enzimelor. Schimbările de salinitate afectează legătura în grupul R în aminoacizi, blocurile tuturor proteinelor. Aceste grupuri R, denumite și lanțuri laterale de aminoacizi, interacționează unul cu altul pentru a produce o formă tridimensională a proteinei.
