Maimuțele de păianjen sunt amenințate în principal din cauza pierderii habitatelor și a vânătorii. Rata lentă de reproducere îi face, de asemenea, vulnerabile, deoarece o maimuță de păianjen are doar un copil la fiecare doi până la patru ani.
Pierderea habitatului de maimuță apare datorită exploatării pădurilor, precum și a curățării pentru folosirea terenurilor, cum ar fi agricultura cu șlefuire și arderea animalelor, creșterea animalelor și agricultura comercială pentru culturi cum ar fi cafeaua, cacao și soia. Plantațiile de lemn înlocuiesc pădurile indigene. Exploatarea bauxitelor, argilei, granitului și nisipului provoacă despăduriri, eroziune și poluarea aprovizionării cu apă dulce. Colectarea ilegală de palmieri decimează standuri întregi de palmieri. Autostrăzile, terenurile agricole și zonele urbane întrerup habitatele și, pentru că preferă creșterea veche și evitarea zonelor perturbate, maimuțele de păianjen nu răspund bine la fragmentarea habitatelor. În unele zone, maimuțele de păianjen sunt vânate pentru sport și pentru mâncare. Sunt capturați și pentru trafic de animale de companie.
Începând cu 2014, eforturile de protejare a maimuțelor de păianjeni includ cercetări privind dimensiunea și starea populațiilor actuale, eficacitatea zonelor protejate și amploarea braconajului. O serie de parcuri naționale, parcuri de stat și zone de protecție a mediului sunt stabilite în țările din America de Sud, cum ar fi Brazilia, Columbia, Ecuador, Peru și Venezuela. Cu toate acestea, în unele zone, prezența insurgenților politici și a armatei, precum și lipsa parcatorilor de parc face ca aplicarea să fie problematică.
