Hipopotamii sunt pe cale de dispariție, în special pentru că braconierii îi vânează pentru carne și fildeș în dinți. Alte amenințări sunt pierderea habitatului datorată înfrângerii așezărilor umane și deturnării apei râurilor pentru agricultură.
Carnea de hipopotam este vândută pe piața neagră ca o delicatesă. Comerțul cu hrepot de hipopotamie a crescut brusc după interdicția internațională de comercializare a fildeșului de elefant în 1989. Deși majoritatea populațiilor de hipopotamuri locuiesc în zonele protejate, cum ar fi parcurile naționale, zonele de conservare, rezervațiile de vânat și sanctuare, braconierii vânează hipopotami în zonele unde există civil tulburările sau aplicarea legii este minimă. De exemplu, în anii 1970, Societatea Zoologică din Frankfurt a estimat populația hipopotamului din Parcul Național Virunga din Republica Democratică Congo ca fiind de aproximativ 30.000. În timpul celui de-al doilea război din Congo, care a durat între 1998 și 2003, soldații congolezi, rebelii Mai-Mai și alte grupuri militare au sacrificat hipopotați fără discriminare, astfel încât până în 2006 au rămas doar aproximativ 600 de oameni în parc.Creșterea așezărilor umane și a dezvoltării în apropierea zonelor de apă dulce locuite de hipopotamile duce la ciocniri între hipopotami și oameni, deoarece hipopoții sunt prin natura lor animale extrem de agresive. Oamenii se răzbună apoi prin sacrificarea populațiilor de hipopotami. Atunci când nivelurile râurilor și zonelor umede scad din cauza irigării terenurilor agricole, acest lucru are un impact negativ asupra habitatelor hipopotamului. Problema este exacerbată în timpul secetei.
