Președintele Lincoln a suspendat mandatul habeas corpus într-un efort de a proteja siguranța publică și de a reduce potențialul de revoltă. În Maryland erau mulți oameni care simpatizau armata Confederatului. Maryland a fost important din punct de vedere strategic, deoarece toate liniile de aprovizionare și de comunicare pe uscat au trecut prin Baltimore.
Președintele Abraham Lincoln a emis ordinul general al lui Winfield Scott pe 27 aprilie 1861 ca mijloc de a proteja liniile ferate vulnerabile. Dar loialitatea lui Maryland față de guvernul federal era incertă și președintele a ordonat arestarea câtorva membri ai legiuitorului din Maryland, care aveau simpatii Confederate.
John Merryman, din Cockeysville, Maryland, a fost arestat pentru recrutarea și instruirea soldaților Confederației. Procurorul lui John Merryman a cerut instanței federale o hotărâre de habeas corpus, iar recursul a fost acordat de șeful de justiție Roger Brooke Taney. Ordinul său de a apărea în fața instanței a fost ignorat de ofițerii militari care dețineau prizonierul lui John Merryman. Șeful justiției, Taney, a constatat suspendarea neconstituțională atunci când și-a exprimat opinia, afirmând că doar Congresul avea autoritatea de a suspenda ordinul de habeas corpus. Proclamarea președintelui Lincoln, la 24 septembrie 1862, și-a extins ordinea de suspendare anterioară pentru a include fiecare stat din țară și a permis arestarea oricui criticase efortul de război al Uniunii, inclusiv editori de ziare. Pe lângă protejarea zonelor sensibile din punct de vedere strategic, suspendarea mandatului a permis, de asemenea, guvernului să încerce oamenii într-un tribunal militar.
