Este important să se echilibreze corect o centrifugă, deoarece o mașină dezechilibrată poate deteriora rotorul, provoca daune catastrofale mașinii înseși sau poate chiar răni sau ucide personalul laboratorului care lucrează în cameră. Balansarea unei centrifuge implică răspândirea greutății probelor pe întregul rotor.
Atunci când există un număr par de eșantioane, centrifuga poate fi echilibrată prin împărțirea numărului total de tuburi la jumătate și plasarea celor două seturi în rotorul direct unul față de celălalt, pentru a crea un număr egal de tuburi pe fiecare parte. De exemplu, o colecție de opt eșantioane este echilibrată prin plasarea a patru într-un rând pe fiecare parte.
Atunci când există un număr impar de probe, un tub echilibrat care conține lichid în același volum și densitate ca probele de test poate fi utilizat pentru a crea un număr par de tuburi. Alternativ, un număr impar de tuburi poate fi aranjat folosind un model algoritmic bazat pe numărul specific de tuburi de probă și numărul de sloturi disponibile în rotorul centrifugal. De exemplu, într-un rotor cu 12 sloturi, echilibrul poate fi atins prin plasarea a trei tuburi de probă într-un model triunghiular, lăsând trei sloturi goale între fiecare slot umplut.
