Celulele de plante de la un bec de ceapă nu au cloroplaste, deoarece această parte a plantei crește sub suprafața solului, făcându-l incapabilă să absoarbă lumina necesară fotosintezei. Structurile de radacini subterane și de bulb în plante nu au cloroplaste din acest motiv.
Chiar dacă celulele de la vârful bulbului care pătrund prin sol pot dezvolta cloroplaste, funcția principală a acestor celule este de a proteja planta împotriva agenților patogeni dăunători din sol și de a stoca energia. Aceste funcții sunt posibile prin peretele celular, membrana celulară, citoplasma, nucleul și vidul cel mare al celulei.
Microscopia luminoasă face ca nucleul unei celule de ceapă să fie vizibil la marginea citoplasmei. Vacuumul este vizibil în mijlocul celulei. Acest vacuol este transparent în celulele de ceapă albă, făcându-le invizibile pentru a lumina microscopia dacă nu sunt colorate. Celulele de ceapă roșie sunt pigmentate în mod natural și nu necesită adăugarea unui agent de colorare.
Cele mai bune mostre pentru vizualizare prin microscopul luminos sunt preparate din felii subțiri de ceapă mică, fermă. Orientarea celulelor sub un microscop luminos poate crește sau reduce vizibilitatea acestora. Cu cât mai multă lumină este permis să treacă, cu atât mai bine devine rezoluția.
