Strâmtoarea Magellan, așa cum se cunoaște astăzi, este aproape de vârful Americii de Sud. Se separă continentul de arhipelagul numit Tierra del Fuego. A fost nevoie de Magellan și de partidul său de aproximativ cinci săptămâni să treacă prin strâmtoarea, din cauza curenților rapizi și a vânturilor puternice.
În martie 1521, expediția a ajuns la Guam și, după 10 zile, insula filipineză Cebu, la câteva sute de kilometri de Insulele de Spice. În timp ce la Cebu, șeful localnicilor ia convins pe Magellan să-l ajute să lupte cu un grup rival de insule. Magellan a murit după ce a fost lovit de o săgeată otrăvitoare.
Echipa sa continuat spre Insulele de Spice, unde au umplut două nave cu mirodenii. O navă a încercat să se întoarcă în Europa prin Oceanul Pacific, dar nu a reușit. Celălalt, Victoria, sa întors în Spania, în Oceanul Indian și în jurul Capului Bunei Speranțe.În cele din urmă, trei dintre navele lui Magellan au fost distruse, iar echipajul celui de-al patrulea a părăsit expediția înainte de a ajunge la Strâmtoarea Magellan. Victoria a fost prima navă care a ocolit globul.