Euglena elimină deșeurile în același mod ca și alte protozoare, printr-un sac de vacuole care poate prelua și împinge apa încărcată cu substanțe nutritive sau produse metabolice. Sacul de vacuole se mărește odată cu acumularea deșeurilor. Aceste vacuole sunt evacuate la fel de frecvent ca la fiecare jumătate de minut.
Citozolul membranei plasmatice a euglenei le face mereu hipertonice mediului înconjurător acvatic. Acest lucru permite ca apa să curgă liber peste membrana plasmatică, facilitând expulzarea deșeurilor din vacuole. Tonurile contractile constau din două compartimente, fiecare dintre ele fiind înconjurat de o membrană diferită. O membrană este împărțită în tubuli minuscule și vezicule care conțin enzime translocante de protoni care permit transportul activ al componentelor în și din protozoare. Acest transport activ implică generarea unui gradient electrochimic prin intermediul enzimelor membranare, care pompează componentele deșeurilor nedorite și pompează substanțele nutritive dorite în protozoare.
Cealaltă membrană servește ca o incintă pentru un rezervor, lipsită de enzimele primei. Această a doua membrană este elastică, permițând extinderea acesteia pentru stocarea excesului de lichid. Membrana elastică se poate fuziona cu membrana plasmatică exterioară care înconjoară cele două compartimente pentru a evacua produsele reziduale nedorite. Pe lângă expulzarea deșeurilor, sacul de vacuole este responsabil pentru osmoregularea interiorului euglenei cu mediul înconjurător.
