Fisiunea binară este principalul proces prin care bacteriile se reproduc asexuat. Se poate rezuma ca un proces în care celula se lărgește, ADN-ul său este replicat și celula se împarte în două celule, copie a ADN-ului. Bacteriile, în general, suferă doar fisiune binară în circumstanțe favorabile.
Fisiunea binară implică utilizarea de mașini celulare pentru a muta ADN-ul reprodus în părțile opuse ale celulei și apoi să împartă celula în două. Mai multe unități de tip special de inel sunt asamblate în centrul celulei divizibile, iar acestea încep să se contracteze, prinzând membrana celulară închisă între fiecare celulă fiică. Alte mașini celulare asigură că ADN-ul nu este deteriorat, deoarece membrana celulară este restrânsă. În multe tipuri de bacterii, un nou perete celular este, de asemenea, construit între celulele fiice, deoarece membrana celulară este prinsă închisă.
În timp ce fisiunea binară este cea mai comună formă de reproducere pentru bacterii, nu este singura metodă utilizată. Unele specii de bacterii fotosintetice cresc în schimb la o dimensiune foarte mare și apoi se împart de mai multe ori într-o coajă rotundă înainte de a se dispersa. Alte specii se separă și se reproduc prin înmugurire, formând celule fiice mult mai mici decât două celule fiice egale dintr-o celulă divizată.
