Potrivit site-ului echipei, echipa de fotbal din San Francisco 49ers este numită după cei care au participat la California Gold Rush. Acești oameni au devenit cunoscuți sub numele de 49ers, deoarece aurul a avut loc începând din 1849 . Sugestia pentru numele a venit de la fondatorul echipei, Tony Morabito. Logo-ul original 49ers reflectă numele echipei, deoarece era o imagine a unui miner care ardea două pistoale.
Echipa San Frisco 49ers a fost formată în 1946. Înainte de aceasta, Morabito sa apropiat de Liga Națională de Fotbal în 1942, cu posibilitatea de a începe o echipă de Coastă de Vest, dar ideea a fost respinsă rapid. Când o nouă ligă a fost formată în 1944, Conferința de fotbal american, Morabito a început să creeze o franciză din San Francisco.
Lawrence Shaw a fost ales primul antrenor principal al echipei. Un total de 32 de jucători au fost aleși pentru primul sezon al echipei, printre care Frankie Albert, Bruno Banducci și Joe Ventrano. 49ers au câștigat primul lor joc împotriva Rockets din Chicago. În ciuda succesului inițial, cei 49ers au terminat primul sezon cu doar trei victorii.
Morabito a păstrat dreptul de proprietate asupra echipei până la moartea sa în 1957. Fratele său mai mic, Victor, a continuat să dețină familia în echipă, dar echipa a fost în cele din urmă vândute lui Edward DeBartolo Jr. în 1977.
