Urmând tradiția de numire a planetelor după vechii zei romani, Pluto își are numele de la zeul roman al lumii interlope. Observatorul Lowell a numit planeta după ce a primit sugestia de la Venetia Burney, de 11 ani, din Oxford, Anglia. Pluto a primit oficial numele său la 24 martie 1930.
Observatorul Lowell a primit peste 1.000 de nume sugerate pentru planetă. Burney a sugerat inițial numele bunicului ei, care a trecut sugestia de-a lungul unui astronom. Astronomul, Herbert Hall Turner, a trecut numele astronomilor de la Observatorul Lowell din Flagstaff, Ariz. Numele Pluto a fost selectat în unanimitate dintr-o listă scurtă, care a inclus numele sugerate Minerva și Cronus.
Luna lui Pluto sunt numite dupa cifrele asociate cu zeul Pluto. Charon, primul descoperit din lunile lui Pluto, este numit după vagabondul din lumea interlopă romană care traversează sufletele celor morți de-a lungul râului în lumea interlopă. Descoperite decenii mai târziu, lunile Nix și Hydra sunt numite după mama lui Charon și gardianul mai multor capi ai lumii interlope, respectiv. Luna descoperită ulterior este numită după Kerberos, un câine cu trei capete din mitologia greacă, și Styx, numele râului în care Charon traversează suflete în lumea interlopă.
În timp ce Pluto este numele general acceptat al planetei, unele limbi folosesc numele de figuri din lumea întreagă din diferite tradiții. Unele limbi din Asia de Est numesc planeta Meiosei. În hindi, planeta este numită Yama, în timp ce în Maori planeta este denumită Whiro.
