Cleopatra a devenit faraonul după moartea tatălui său. În voia sa, Ptolemeu al XII-lea a părăsit monarhia la Cleopatra de 17 ani și la fratele său de vârsta de 10 ani, Ptolemeu XIII. împreună.
Cleopatra sa căsătorit cu Ptolemeu al XIII-lea când avea 12 ani, pentru că nu putea să se pronunțe fără un co-moștenitor de sex masculin. Tradiția ptolemeică a susținut că domnitorul de sex masculin a fost suprem și a cerut ca numele său să fie primul. Cu toate acestea, la trei ani după asumarea tronului împreună, Cleopatra a insistat ca numele ei, în monoterapie, să fie pus pe toate documentele oficiale și că numai imaginea ei să fie pusă pe monede.
Ptolemeu al XIII-lea a revoltat prin trimiterea Cleopatrei în exil. Regele singur la vârsta de 13 ani, Ptolemeu a căutat sprijinul Romei executând unul dintre dușmanii politici ai lui Caesar, Pompei. În timp ce Pompey fusese căsătorit cu fiica lui Caesar, Caesar a fost indignat de crimă și a invadat capitala Egiptului, devenind mediator între interesele concurente ale lui Ptolemeu și Cleopatra.
Capitalizând pe furia lui Cezar spre Ptolemeu, Cleopatra sa înfășurat într-un covor și a făcut contrabandă pentru a se întâlni cu Cezar. Ea a devenit amanta lui și ia dat naștere fiului său, iar Cezar la ajutat să-și recâștige tronul, învingând armata lui Ptolemeu; Ptolemeu sa înecat în Nil și sa căsătorit cu următorul frate în linie, Ptolemeu XIV, așa cum era obiceiul. După asasinarea lui Cezar, Cleopatra a devenit amantă a lui Mark Antony. Când Egiptul a căzut la dominația romană, ei s-au sinucis.
