Felix Dujardin a contribuit cel mai mult la teoria celulelor atunci când a propus clasificarea unui nou tip de organism cu o singură celulă pe care el la numit rhizopoda. Rizopoda lui Felix Dujadin este acum cunoscută ca protozoare. >
Felix Dujardin este, de asemenea, bine cunoscut pentru munca sa în respingerea teoriei lui Christian Gottfried Ehrenburg, conform căreia organismele microscopice aveau organe cu funcții similare cu organele vertebratelor. Când studiază foraminifera, Felix Dujardin a descoperit, de asemenea, o structură de viață neformală pe care a numit sarcode, dar pe care o cunoaștem astăzi drept protoplasmă. El este, de asemenea, bine cunoscut pentru cercetarea sa vastă în grupuri de nevertebrate, cum ar fi echinodermele, cnidarienii și helminții.
