Howard Garns, un creator de puzzle liber, a inventat Sudoku în 1979, deși el a numit-o "Number Place". Puzzle-uri asemănătoare au fost predominante din secolul al XVIII-lea în Elveția și mai târziu în Franța.
Deși jocul a fost inventat în Connorsville, Indiana, a apărut pentru prima dată în Japonia și a crescut în popularitate, înainte de a fi redenumit Sudoku. Un judecător din Noua Zeelandă pe nume Wayne Gould a descoperit jocul în Tokyo și a dezvoltat un program de calculator care a produs puzzle-uri Sudoku. În 2004, Conway, o hârtie din New Hampshire, a început să apară cu Sudoku, iar popularitatea puzzle-ului a crescut exponențial în Statele Unite și în întreaga lume de atunci.