În cererea ei de divorț, Anna a declarat că mariajul lor este "rupt iremediabil". Știrile despre căsnicia lor tulbure au devenit mai întâi publice în anii 1990 și au fost controversate, deoarece prima biserică baptistă avea o regulă nescrisă care interzicea divorțului să devină slujitori sau diaconi. Când tânărul sa separat, Charles a promis că va demisiona ca pastor dacă ar divorța. Cu toate acestea, după ce divorțul a devenit definitiv, prima biserică baptistă ia permis lui Charles Stanley să continue să slujească ca pastor senior.
Cuplul împarte doi copii împreună. Fiul lor, Andy Stanley, este pastor senior al Bisericii comunitare North Point și fondator al ministeriilor North Point.