Wilkinson la trimis pe Pike să iasă din St. Louis din nou în iulie 1806. De data aceasta a călătorit până în prezent în Pueblo, Co, unde a explorat munții și a încercat să urce pe vârful Pike. Apoi sa întors spre sud și el și oamenii săi au construit un mic cetate pe malul râului Rio Grande. Deoarece acesta a fost teritoriul spaniol, au fost reținuți de soldații spanioli, care le-au dus mai întâi în Mexic înainte de a le întoarce în Statele Unite.
Până atunci, generalul Wilkinson fusese implicat cu Aaron Burr într-o conspirație pentru a crea o națiune separată în sud-vest. Pike a fost pe scurt suspectat de implicare, dar apoi a fost eliminat. El a fost ulterior promovat la major și apoi la general. A murit ducând un atac american asupra lui York, acum Toronto în Canada, în 1813.Ce zonă a explorat Zebulon Pike?
La prima expediție, Zebulon Pike a părăsit St Louis, Mo., și a explorat râul Mississippi până la Lacul Leech și la Lacul Sandy din Minnesota, iar la a doua expediție Pike a călătorit spre vest pentru a explora sursele Râul Roșu și râul Arkansas, parte a teritoriului achiziției nou-achiziționate din Louisiana. Peak's Peak din Colorado, pe care a urcat-o în parte, este numit după el.În august 1805, generalul James Wilkinson, comandantul Armatei Statelor Unite, la trimis pe Pike în fața Mississippi-ului, cu sarcina de a-și descoperi apele. Pike, apoi locotenent, a condus douăzeci de oameni în Minnesota. Au petrecut iarna acolo și au semnat un tratat cu indienii Sioux, dar nu au reușit să găsească sursa râului.
