Ciupercile saprotrofice absorb substanțele nutritive din materia organică decăzută. Acestea eliberează acizi și enzime care sparg țesuturile moarte în particule mai mici, pentru a putea fi absorbite. Aceste ciuperci sunt extrem de importante pentru lanțul alimentar, deoarece ajută la reciclarea materiei moarte înapoi în sol.
Comportamentul saprotrofic este unul dintre cele patru căi prin care ciupercile obțin nutrienți. Ciupercile ciuperci formează relații simbiotice cu alte plante și animale. De obicei, relația este mutualistă, ceea ce înseamnă că ambele organisme beneficiază. Ciuperca țese în jurul celulelor rădăcinii plantei sau se înfășoară în jurul rădăcinilor. Ciuperca asigură umiditate suplimentară și substanțe nutritive pentru plante, iar la rândul său, obține accesul la zaharurile pe care le produce planta. Fungi endofitici formează, de asemenea, o relație reciprocă cu o plantă gazdă. Cu toate acestea, ele au propria lor categorie deoarece, spre deosebire de ciupercile miorrhizale, ele pot fi ușor cultivate într-un laborator fără prezența unei plante gazdă. Ciupercile parazitare infectează și se hrănesc cu organisme vii, eventual le ucid.
