Inamicii naturali ai liliecii includ bufnițe, șoimi, șoimi, șerpi și pisici domestice. În estul Americii de Nord, sindromul de nas alb al infecției fungice are un efect devastator asupra populației de lilieci din 2014 .
Bufnițele nu se hrănesc exclusiv cu lilieci, ci se află printre prădătorii principali ai liliecii datorită obiceiurilor lor nocturne. Capacitatea owls de a zbura în tăcere îi permite să surprindă cu ușurință liliecii care zboară. Două specii de rapitori, șoimul de lilieci și șoimul de lilieci au o dietă compusă în mare parte de lilieci. Battleship-urile bat sunt mici raptori originari din nordul Mexicului și din părți ale Americii de Sud. Ele adesea perch și așteptați pentru prada potențială și, uneori, chiar se agită ramuri pentru a trezi prada. Șoimul de lilieci este un raptor al Africii, Peninsula Malay și Noua Guinee. Se întâlnește cu adăposturile atât de lilieci, cât și de lilieci, unde consumă peste 10 animale pe minut.
În unele părți ale lumii, șerpi și pisici domestice se prăbușesc pe lilieci. Șerpii se ascund în copaci sau la intrarea în caverne pentru a apuca liliecii emergenți. Pisicile domestice iau ocazional liliecii de la năluci în timpul zilei și sunt chiar capabili să prindă animalele la mijlocul zborului.
Începând cu 2014, sindromul nasului alb este responsabil pentru pierderea a aproape 6 milioane de lilieci în estul Americii de Nord de la apariția sa, în New York, în 2006. Boala întrerupe hibernarea baturilor, determinând animalele să se trezească prea des și să arde rezervele critice. În plus, structurile de alimentare ale ciupercilor penetrează țesuturile și fac găuri în aripile liliecilor.
