Ploaia acută amenință și dăunează ecosistemului. Ea poate împiedica creșterea copacilor, poate schimba aciditatea apei și face ca substanțele toxice să fie eliberate din sol, dăunând multor animale acvatice și animalelor. De asemenea, slăbește materialele și grăbește eroziunea naturală a structurilor de beton.
Efectele ploii acide sunt mai palpabile în mediile acvatice, cum ar fi mlaștini, râuri, lacuri și cursuri de apă. Majoritatea apelor de suprafață au un nivel de pH cuprins între 6 și 8; când ploaia acidă cade direct pe apă sau se scurge de pe pământ și ajunge la cursuri, aciditatea apei crește. Un corp de apă cu un nivel scăzut al pH-ului nu poate susține o viață nouă. Marsele, cu ecosistemele lor fragile, pot suferi cel mai mult din pierderea unei specii de pești, deoarece animalele din astfel de ecosisteme depind una de cealaltă pentru a se dezvolta.
Ploaia acide împiedică, de asemenea, creșterea plantelor și copacilor sănătos. Când ploaia acidă cade pe frunze, aceasta îndepărtează stratul de protecție al frunzelor și îi împiedică să facă fotosinteza în mod corespunzător. Pe măsură ce ploaia acidă se scurge până la pământ, aceasta activează substanțe dăunătoare, cum ar fi aluminiul, în sol și apoi se îndreaptă spre râuri și lacuri. Ploaia acide dizolvă, de asemenea, substanțele nutritive și mineralele din sol care contribuie la promovarea creșterii plantelor și copacilor.
