Un ecosistem acvatic este o comunitate de organisme și interacțiunile acestora într-un mediu acvatic. Acest tip de ecosistem nu trebuie să fie mare. O picătură de apă conține un întreg ecosistem acvatic, deoarece microorganismele din această picătură de apă sunt independente de organismele din afară și sunt complet susținute de acea cantitate mică de apă.
Un ecosistem acvatic conține o mare varietate de viață, de la pești și reptile până la organisme microscopice cum ar fi bacterii și ciuperci. Există mai multe tipuri de ecosisteme acvatice, inclusiv ecosisteme marine și ecosisteme de apă dulce.
Un ecosistem marin este un ecosistem de apă sărată și cel mai mare ecosistem acvatic din lume. Un ecosistem marin, la rândul său, este împărțit în ecosisteme sau zone mai mici. De exemplu, un recif de corali este propriul ecosistem, lagune și zone intertidice. Aceste ecosisteme conțin alge, corali, pești și rechini.
Un alt tip important de ecosistem acvatic este ecosistemul apelor dulci, care constă în ecosisteme de apă lentice sau în mișcare lentă, ecosisteme lotice sau ecosisteme de apă în mișcare rapidă și ecosisteme umede. Ecosistemele liceale includ iazuri și lacuri, care se descompun în zone mai mici sau ecosisteme, inclusiv în zonele litorale, în zonele cu apă dulce și în zonele de adâncime. Ecosistemele lotice includ râuri și cursuri. În timp ce ecosistemele lentic și lotic sunt bogate în pești, ecosistemele umede conțin în mare parte plante vasculare și o varietate de specii de animale.