Ambele tipuri de electroforeză în gel funcționează utilizând același principiu de bază. Probele de proteine sunt încărcate în vârful unui gel de poliacrilamidă. Un curent electric trece prin gel și proteinele migrează prin gel. În gelurile de denaturare, proteinele sunt acoperite cu SDS, ceea ce le conferă o încărcătură negativă puternică. Ca rezultat, proteinele denaturate migrează prin gel bazat în primul rând pe greutatea lor moleculară.
În electroforeza gelului nativ, proteinele sunt încă pliate, astfel încât forma proteinei afectează cât de repede se deplasează prin gel. Proteinele își păstrează, de asemenea, încărcătura electrică nativă și, prin urmare, încărcăturile diferite vor afecta modul în care proteina rulează prin gelul nativ.
Electroforeza gelului nativ este utilizată pentru a studia legarea la alți compuși, agregare și conformație. Gelurile native sunt necesare pentru multe dintre aceste tehnici, deoarece proteina de denaturare îi determină să-și piardă structura și orice afinități obligatorii pe care le poate avea. Ultimul beneficiu al electroforezei pe bază de gel este faptul că este posibil să se extragă proteinele după ce se rulează gelul.
