Un atom neutru care conține 12 protoni este din elementul magneziu. Dacă atomul ar avea o încărcătură pozitivă sau negativă, ar fi în continuare elementul magneziu; totuși, acesta ar fi clasificat ca un ion.
Protonii determină identitatea elementară a unui atom. Dacă cineva îndepărtează sau adaugă protoni unui atom, el își schimbă identitatea. De exemplu, dacă cineva elimină un proton dintr-un atom de magneziu, atunci ar fi un atom de sodiu. Numărul de protoni din atomul unui element este afișat în colțul din stânga sus al celulelor în majoritatea tabelelor periodice; se numeste numarul atomic. Protonii sunt încărcați pozitiv. Celelalte părți majore ale atomului sunt electronii încărcați negativ și neutronii neîncărcați. Atomii cu mai putini sau mai multi electroni decat numarul atomic sunt incarcati pozitiv si negativ. Atomii cu un număr diferit de neutroni se numesc "izotopi".
