Cleopatra avea patru copii, potrivit lui Discovery. Unul era un fiu al cărui fiu a fost Julius Caesar. Ceilalți trei, doi băieți și o fată, cu Mark Antony.
Primul fiu al lui Cleopatra a fost numit Caesarion după tatăl său. El a fost ucis sub ordinul lui Octavian, dar copiii lui Cleopatra și Marc Antonius au fost cruțați. Bătrânii doi dintre acești copii erau gemeni, un băiat pe nume Alexander Helios și o fată numită Cleopatra Selene. O sculptură există la Muzeul Egiptean din Cairo, despre care se crede că reprezintă aceste gemeni. Ultimul lor copil era un fiu numit Ptolemeu Philadelphus. După moartea părinților, cei trei copii au plecat la Roma unde au fost crescuți de soția lui Mark Antony, Octavia.
