Hidrogenul nu are neutroni, doar un singur proton și un singur electron. Majoritatea masei unui atom se află în protoni și neutroni; hidrogenul are o masă de 1 datorită masei protonului său unic.
Hidrogenul are trei izotopi comuni: protium, deuteriu și tritiu. Izotopii au acelasi numar atomic, adica ele sunt acelasi element deoarece au acelasi numar de protoni si electroni; totuși, masele lor diferă deoarece au un număr diferit de neutroni. Protium nu are neutroni, deuteriul are un neutron, iar tritiuul are doi neutroni. Cel mai comun dintre izotopi este protium, care reprezintă 99,9% din hidrogen în natură. Apa grea, care este mai densă și mai grea decât apa normală, constă din hidrogen sub formă de deuteriu. Tritiumul este radioactiv și se formează în atmosferă.
