Potrivit bazei de date a reptilelor, majoritatea șerpi au 36 de perechi de cromozomi. Douăzeci de cromozomi sunt considerați microchromozomi, în timp ce restul sunt numiți macrochromozomi. Cu toate acestea, termenul "șerpi" se referă la peste 3.400 de specii diferite și mulți nu au studiat cariotipul lor, deci pot exista unele variații.
Spre deosebire de multe reptile, cum ar fi crocodilii, țestoasele și unele geci, genul de șerpi este determinat de cromozomii lor, mai degrabă decât de condițiile de mediu care înconjoară ouăle în curs de dezvoltare. Cu toate acestea, șerpii prezintă modelul invers decât cel demonstrat de oameni. În timp ce bărbații umani sunt sexul heterogamat, prezentând un cromozom X și un Y, șerpi de sex feminin sunt sexul heterogamat și prezintă un cromozom Z și W.
