Unele dezavantaje ale antibioticelor includ ineficiența împotriva virușilor, interacțiunile potențiale cu medicamentele, utilizarea frecventă abuzivă, utilizarea excesivă și potențialele efecte secundare. În plus, utilizarea pe scară largă a antibioticelor poate provoca bacteriile să evolueze în tulpini rezistente la antibiotice.
Rezistența la antibiotice este capacitatea bacteriilor de a rezista la doze mari de antibiotice și de a transmite această abilitate generațiilor viitoare. În plus, bacteriile rezistente la antibiotice își pot transfera imunitatea, prin plasmide, la alte tulpini și specii de bacterii. Superbug-urile sunt bacterii care nu mai răspund la tratamentul cu antibiotice. Tuberculoza multidrog-rezistenta, sau MDR-TB, este un superbug care provoaca 1/2 milioane de cazuri noi in fiecare an, incepand cu 2014.
Antibioticele uneori cauzează interacțiuni medicamentoase care fac ca medicamentul să fie ineficient, provoacă efecte secundare sau provoca leziuni sistemelor biologice ale pacientului. Amestecarea alcoolului cu antibiotice poate scădea eficacitatea lor sau poate provoca greață, vărsături și efecte respiratorii. Antibioticele fac uneori pilulele contraceptive ineficiente. Rifampicina este suspectată că are acest efect din cauza defalcării accelerate a ficatului a ingredientelor active ale pilulei. Combinarea chinolonei și corticosteroizilor poate provoca leziuni ale tendonului.Abuzul și excesul sunt două probleme comune. În trecut, medicii au prescris antibiotice înainte de a determina dacă o infecție a fost bacteriană sau virală. Agricultorii și medicii veterinari folosesc în continuare antibiotice profilactice în efectivele de animale care promovează evoluția superbugurilor. De asemenea, pacienții nu reușesc să ia antibiotice exact așa cum este prescris, permițând dezvoltarea unor tulpini rezistente.
Antibioticele pot provoca reacții adverse, cum ar fi febră, diaree, greață, reacții alergice și dezechilibre fiziologice, care duc la infecții secundare.
