Clorul poate ucide microorganisme benefice în sol, afectând astfel creșterea plantelor; totuși, cea mai mare parte a apei potabile clorurate nu este suficient de concentrată pentru a afecta negativ viața plantelor într-o anumită zonă. Aceasta se datorează faptului că rata de reproducere a microorganismelor din sol este atât de ridicată încât acestea tind să se reproducă din nou înainte de planta poate fi afectată negativ de sol.
Majoritatea comunităților adaugă cantități mici de clor în apa de băut pentru a asigura siguranța locuitorilor. Apa de băut tipică nu conține cantități suficiente de clor pentru a elimina cu adevărat microorganismele benefice din sol, afectând astfel în mod minim creșterea plantelor. Microorganismele benefice care se găsesc în sol se reproduc la rate atât de ridicate, ceea ce face ca efectele apei clorurate să fie aproape nemotivate.
Clorul se leagă, de asemenea, pe suprafețele particulelor de sol, ceea ce reduce capacitatea clorului de a distruge microorganismele benefice. În plus, deoarece apa clorurată scade până la niveluri mai scăzute de sol, clorul se leagă de suprafețele acestor particule de sol, ceea ce înseamnă că apa conține mai puțin clor în timp ce se deplasează. Studiile arată că solul supus apelor de apă clorurate a prezentat doar o reducere a microorganismelor în partea superioară a ½ inch a solului. Microorganismele în nivelurile de sol mai adânci de 1 inch nu au fost afectate de clor.
