Dezavantajele tehnologiei ADN-ului recombinant sunt în general grupate în probleme comerciale și de mediu. Problemele precum crearea unei monoculturi și controlul organismelor modificate de către interesele corporatiste sunt răspândite și complexe.
Există o mare îngrijorare cu privire la proprietatea asupra organismelor modificate genetic de entitățile corporative. Aceste entități dețin, în multe cazuri, brevete la informațiile genetice ale organismelor menționate, ridicând întrebări cu privire la capacitatea de a deține și a legifera blocurile de viață. Acest control care se regăsește în sectorul corporativ deschide, de asemenea, multe întrebări despre etică, stimulente economice și alte practici.
O monocultura este o populație de organisme care este alcătuită din copii, în mod eficient, sau clone. Aceste organisme devin vulnerabile în aceleași moduri, ceea ce înseamnă că o singură boală sau dăunător ar putea să le elimine în întregime. Se consideră vital să se creeze și să se dețină în rezervă recolte de rezervă care ar putea servi, într-o astfel de situație, pentru a reface depozitele și producția de salvare.
Alte preocupări legate de utilizarea ADN-ului recombinant includ teama persistentă de contaminare încrucișată și migrarea ADN-ului proprietar între organisme. Plantele rezistente ar putea, teoretic, să ducă la buruieni rezistente care ar putea fi foarte greu de controlat. Organismele recombinante care contaminează mediile naturale reprezintă o altă preocupare.
