Dezavantajele modelului orientat pe obiect includ necunoașterea și lipsa programatorilor experimentați, consensul limitat cu privire la standardele de utilizare, eficiența scăzută atunci când este vorba de date simple și disponibilitatea limitată a instrumentelor și suportului adecvat. Cele mai multe dezavantaje ale modelului orientat pe obiect primesc de la noul său model la piață.
Modelul orientat pe obiect este o practică recentă, începând cu anul 2015, în comparație cu modelul bazelor de date relaționale mai comune. Acest lucru ia dat foarte puțin timp pentru a se maturiza, ceea ce a dus la numărul limitat de programatori experimentați și sprijin. Modelul orientat pe obiect se concentrează pe stocarea unor structuri de date complexe denumite obiecte. Acest lucru îl face mai puțin eficient atunci când este folosit pe înregistrări simple de date cu relații simple.
Un alt dezavantaj al acestui model este că este dificil de implementat pur. Acest lucru este valabil deoarece modelele orientate pe obiect utilizează tipuri de date complexe spre deosebire de modelele relaționale, care implică structuri simple, cum ar fi tabelele și indicii înrudiți. Bazele de date relaționale sunt un produs al teoriei seturilor matematice, dar modelele orientate pe obiecte suferă de a nu avea o bază matematică puternică.
Din 2015, programatorii se bazează pe modele obiect-relaționale, care sunt hibrizi ai celor două. Aceste ORM-uri cresc în popularitate începând din 2015, deoarece sunt susținute de motoare de baze de date testate și testate și oferă, de asemenea, posibilități de a cartografia obiecte.