Accesul limitat la tehnologii de calitate, alfabetizarea informatică slabă, izolarea socială și nevoia de auto-disciplină reprezintă toate dezavantajele sau potențialele probleme cu mediile de învățare virtuale. În timp ce cursurile online sunt conduse de tehnologia informatică și Internet acces, o persoană fără aceste capacități are o provocare pentru învățarea eficientă.
În timp ce programarea flexibilă este un avantaj cheie al învățării on-line, incapacitatea de a programa și de a-și reglementa performanța sunt dezavantaje pentru unii. Elevii care nu dispun de motivație și de auto-disciplină de obicei se luptă mai mult într-un mediu virtual de învățare decât într-o clasă tradițională. Nu există profesori și colegi în măsură să ofere mementouri regulate cu privire la misiuni, proiecte și teste. Elevii trebuie să se îndrepte singuri și să-și pună la dispoziție timp suficient pentru a încheia activități de clasă și misiuni în afara clasei.
Interacțiunea cu instructorul limitat și izolarea dintr-un grup de învățare sunt, de asemenea, dezavantaje. Instructorii încearcă de obicei să comunice prin e-mail sau prin intermediul instrumentului de învățare virtuală. Cu toate acestea, este mai dificil să se asigure ascultarea și înțelegerea corespunzătoare de la distanță. De asemenea, este nevoie de mai mult timp pentru interacțiune și feedback prin instrumente virtuale decât într-un schimb tradițional față-în-față. Izolarea socială poate fi o provocare pentru studenții care se dezvoltă în interacțiunea zilnică cu colegii și confortul informal care vine cu o clasă tradițională.