Există patru moduri de nutriție pentru regatul Eubacteria: fotoautotrofe, chemoautotrofe, fotoheterotrofe și chemoheterotrofe. Fiecare dintre acestea are o combinație diferită de moduri în care obțină energie și carbon.
Photoautotrofele sunt organisme care efectuează fotosinteza în mod similar cu plantele, folosind lumina pentru a genera energie și dioxidul de carbon pentru a genera compuși de carbon. Chemoautotrofii folosesc de asemenea dioxid de carbon pentru a produce compuși ai carbonului, dar folosesc substanțele chimice anorganice ca surse de energie mai degrabă decât lumină. Photoheterotrofele își obțin energia din lumina soarelui, dar și ingerau compușii de carbon organici ca sursă de carbon. Chemoheterotrofii obțin atât energia, cât și carbonul prin ingerarea substanțelor chimice organice. În orice caz, atunci când se generează energie prin metabolizarea substanțelor chimice, sursa de energie poate fi numită donator de electroni, iar prelucrarea acestui donator necesită de obicei un acceptor de electroni, cel mai frecvent oxigen.
Bacteriile care se bazează pe consumul de substanțe chimice pentru energie pot fi fie dependente de oxigen, fie pot folosi și alți acceptori de electroni. Bacteriile care generează energie din compuși chimici fără oxigen utilizează fie respirație anaerobă, fie fermentație. Respirația anaerobă necesită utilizarea unor acceptori de electroni alternativi, cum ar fi nitrații, sulfații sau dioxidul de carbon. Bacteriile care utilizează compuși anorganici pentru a produce energie pot, de asemenea, utiliza în mod obișnuit hidrogen, monoxid de carbon, amoniac sau metale reduse. Fermentația nu utilizează nici un acceptor de electroni alternativi, în schimb produce produse reziduale, cum ar fi etanol sau acid lactic.
