Ciupercile sunt heterotrofe, ceea ce inseamna ca isi indeplinesc nevoile de carbon si energie prin descompunerea si asimilarea materiei organice. Ciupercile sunt capabile sa absoarba si sa metabolizeze o mare varietate de carbohidrati, inclusiv glucoza, xiloza si fructoză. Carbohidrații mai dificili sunt, de asemenea, ușor digerați, cum ar fi celuloza și hemiceluloza.
Ciupercile folosesc enzime pentru a descompune materialele pe care cresc. Când se absoarbe materialul digerat, alimentele trebuie să fie sub formă de soluție pentru a intra în pereții hifali ai ciupercilor. Mijloacele și bacteriile saproge sunt în mare parte responsabile de cea mai mare parte a descompunerii organice. În general, ciupercile necesită oxigen pentru a supraviețui, dar sunt, de asemenea, capabile să folosească fermentația atunci când nu au oxigen.