Diferența dintre ELISA directă și indirectă este că ELISA indirect necesită adăugarea unui anticorp secundar, în timp ce ELISA direct utilizează numai un anticorp primar. Testul ELISA indirect este considerat a fi mai sensibil la detectarea substanțelor, dar ELISA direct este un proces mai rapid și mai ieftin, care necesită mai puțini pași. ELISA direct sau testul imunosorbant legat de enzimă începe cu absorbția unui antigen pe o placă. O proteină este apoi adăugată pentru a bloca toate celelalte posibile situsuri de legare. Se adaugă primul anticorp și se leagă la orice epitop de antigen recunoscut. Testul ELISA indirect continuă procesul prin adăugarea unui al doilea anticorp care se leagă la primul anticorp. Primul anticorp este disponibil numai dacă este legat de antigen.
Ambele procese necesită spălări de laborator pentru a elimina substanțe suplimentare. Procesul ELISA este important în laborator deoarece permite oamenilor de știință să identifice antigeni. Este o modalitate populară și fiabilă de a testa bolile și alergenii alimentari.
ELISA indirect este capabil să detecteze cantități mai mici de antigen și permite un anticorp secundar unic să fie utilizat cu o mulțime de anticorpi primari diferiți. ELISA direct necesită cantități mai mari de antigen pentru a face o detectare și nu este la fel de flexibilă, deoarece se utilizează numai un anticorp.