Diferența dintre epistemologie și ontologie în parte este subiectul care este studiat de fiecare. În ontologie, studiul ființei sau existenței și întrebările asupra tipurilor de entități existente sunt studiate. În epistemologie, studiul cunoașterii și al cunoașterii și al întrebărilor legate de cunoaștere și de cunoaștere sunt studiate.
Atât ontologia cât și epistemologia sunt ramuri ale filosofiei. Ontologia este un tip de metafizică. Epistemologia implică adesea o dezbatere între empirism și raționalism, în care prima presupune că cunoașterea poate fi obținută doar prin experiență, în timp ce aceasta din urmă crede că cunoașterea poate fi dobândită numai prin rațiune.
Ontologia se preocupă de ceea ce este adevărat, iar pe de altă parte, epistemologia implică diferitele metode de a înțelege acel adevăr. Cu alte cuvinte, ontologia se referă la natura realității și epistemologia se referă la relația dintre cercetător sau altă persoană și acea realitate.
Multe probleme au ontologii multiple, adesea contradictorii, sau teorii despre ceea ce este adevărat, precum și diverse epistemologii sau modalități de a găsi lucrurile afară. De exemplu, știința și religia au ontologii opoziționale și epistemologii despre existența lui Dumnezeu și despre originile universului.