Amoebii aparțin domeniului eucarya, regnul protist, protozoarele phyllum, rhizopoda de clasă, ordinea amoebida și familia amoebidae. Aceasta este clasificarea științifică a genului amoeba, care include multe specii de amoeba.
Clasificarea lucrurilor vii în biologie se numește taxonomie, nomenclatură sau schemă. Amoeba proteus este un exemplu reprezentativ al speciilor, ale căror membri sunt caracterizați printr-o formă amorfă și printr-o metodă de propulsie facilitată de o caracteristică numită pseudopod. Această caracteristică a amoeba este, de asemenea, instrumentală pentru hrănire. Toți prostii, inclusiv amoeba, sunt animale cu o singură celulă care conțin un nucleu.
În special, amoebele fac parte din amovibilul phylum, așa cum a descris Max Lühe în 1913. În 2002-2003, au fost plasate în regatul Protozoa de Thomas Cavalier-Smith. Acestea sunt, de asemenea, clasificate în domeniul Eukaryota, așa cum a fost descris în 1998 de Cavalier-Smith. Specia sau genul a fost descris pentru prima dată în 1822 de către Bory de Saint-Vincent și apoi adăugat la familia Amoebidae. Există patru subspecii majore de amoeba identificate începând din 2014.
