Deși mulți indigeni au fost uciși în timp ce s-au opus invaziei spaniole, majoritatea deceselor s-au datorat răspândirii bolilor europene. Americanii nativi nu au fost niciodată expuși la aceste boli și nu aveau imunitate naturală față de ei, provocând boli comune cum ar fi rujeola și tusea convulsivă care să aibă consecințe mortale. Mulți care au supraviețuit bolilor au fost forțați în sclavie de către spaniol, ducând la mai multe decese cauzate de malnutriție și exces de muncă.
Imperialismul spaniol din America Latină a îmbogățit, de asemenea, Spania și a contribuit la finanțarea războaielor sale împotriva altor puteri europene. Coloniștii spanioli au căutat metale prețioase și pietre prețioase, folosind munca de sclavi pentru a mina cantități mari de argint și alte materiale valoroase.
Implicarea Spaniei în America Latină a ajutat, de asemenea, la alimentarea comerțului transatlantic cu sclavi. Coloniștii spanioli credeau că oamenii indigeni nu erau potriviți pentru a lucra în mine, așa că au adus în locul lor sclavi africani. Spania nu a fost singura putere europeană de a folosi sclavi africani în coloniile sale americane, dar a fost un cumpărător major. Acest lucru a contribuit la devastarea pe termen lung și destabilizarea în Africa. De asemenea, a dus la schimbări în demografia și cultura Americii Latine ca sclavi africani amestecați cu populațiile indigene.