Râul Missouri începe în apropiere de Trei Forks, Montana, și se execută până când se îmbină cu râul Mississippi lângă St Louis, Missouri. Râul Missouri se întinde pe o lungime de 2.331 de mile.
Apele râului Missouri provin din regiunea Jefferson, Madison și Gallatin. Râul a fost foarte predispus la inundații atunci când zona a început să fie stabilită de coloniștii europeni. Aceste inundații au reprezentat o parte esențială a ecosistemului din zonă. Astăzi, râul este prins de 15 barje de-a lungul traseului principal, iar digurile au modificat inundațiile și traseul râului. Zona numită Valea Missouri este acum foarte populată și nu se inundă ca în trecut, dar aceste acțiuni au avut un impact asupra calității apei și au avut un impact major asupra peștilor și a faunei sălbatice.
