Principalele corpuri de apă din Pennsylvania sunt Lacul Erie, Râul Delaware, Lacul Conneaut, Lacul Wallenpaupack, Râul Susquehanna, Râul Allegheny, Râul Monongahela și râul Ohio. Râurile Beaver, Clarion și Youghiogheny sunt afluenți importanți ai sistemului fluviului Allegheny-Monongahela-Ohio.
Starea din Pennsylvania are aproximativ 250 de lacuri naturale. Majoritatea acestora se regăsesc în regiunile nord-est și nord-vest. Pennsylvania are jurisdicție de peste 21 de kilometri pătrați de rezervorul de pimatuning, situat la granița statului Ohio. Aproape 46% din apa din Munții Appalachieni este drenată de râul Susquehanna și de afluenții săi. Granița de est a Pennsylvania este formată de râul Delaware, în timp ce partea sa de vest este drenată de râurile Allegheny și Monongahela.
