Principalele corpuri de apă din Missouri includ râul Missouri, râul Mississippi, Lacul Ozarks, râul curent, râul Chariton și Lacul Taneycomo. Alte corpuri notabile de apă sunt Lacul Pomme de Terre și Lacul Table Rock.
Râul Mississippi este cel mai lung râu din Statele Unite. Formează granița Missouri cu Illinois, Kentucky, Tennessee și cu o țesătură de Iowa. Râul a facilitat transportul și a furnizat apă și energie hidroelectrică pentru rezidenții Missouri timp de multe decenii.
Râul Missouri este al doilea cel mai lung râu din Statele Unite. Traversează statul într-o direcție vest-est și se alătură râului Mississippi de la St Louis. Missouri, poreclit "Big Muddy" din cauza apei turbid, a fost o arteră pentru exploratori și pionieri de sute de ani. Ramurile Missouri includ cheile Cheyenne, Osage, Platte, Lapte și White. Se varsă în Golful Mexic prin Mississippi.
Lacul Ozarks este un lac artificial creat prin barajul râului Osage. Rezervorul nu se află doar la barajul Bagnell, care oferă energie hidroelectrică, dar este, de asemenea, o faimoasă zonă de agrement care atrage turismul.
